В 1822 году на средства Сергея Михайловича Голицына было начато строительство нового храма, сохранившегося до настоящего времени, на месте построенного в 1657 г Строгановыми одноименного храма, который пострадал в 1812 году. Авторами проекта стали архитекторы Бове и Жилярди. Храм был построен в стиле ампир. Никольский храм был закрыт в 1932 году. Небольшая часть церковных ценностей была передана в Коломенский музей и в один из храмов в Коломенском, всё остальное было разграблено или уничтожено. С храма были сняты кресты и глава, сбиты рельефы, разрушена церковная ограда. После перестройки в здании храма разместилась химическая лаборатория Управления геологии. В 1970-х годах Никольский храм частично реставрируется и ставится под охрану государства как памятник архитектуры. В это же время были уничтожены располагавшиеся в храме семейные захоронения Голицыных и Строгановых. В 1992 году Никольский храм был передан Русской Православной Церкви. В 1998 году, в отреставрированном храме было открыто представительство Православной Церкви Чешских Земель и Словакии в Москве.